可可托海地处中国内陆阿尔泰山的东段，其山地植被垂直带发育完整，植被类型多样，可分为山地针叶林、山地落叶阔叶林、草甸、高山植被、湿生植被、沼泽植被、灌丛植被等7个类型。目前记录有维管植物967种，地衣植物205种，苔藓植物193种，真菌151种，脊椎动物331种。维管束植物中有阿尔泰山特有种20种、中国新纪录1种、变新种5种。其中，国家重点保护野生植物5种、动物49种。可可托海植物不仅非常丰富，而且在不同的季节幻化出不同的色彩，春天可以赏满山的野花，夏天可以见绿色的林海与草原，秋天可以观红橙黄绿青色的彩林，冬天可以览白茫茫的冰雪世界，与花岗岩地貌环境相得益彰，美不胜收。