可可托海世界地质公园的管理机构为“新疆富蕴可可托海国家地质公园管理委员会”,为法定常设机构。管委会内设7个管理部门,分别为:综合办公室、政工人事处、财务统计局、规划建设局、开发局、景区景点管理局、矿山地质公园管理局。管委会下设2个建设开发公司,负责公园旅游运营工作,分别为:新疆远方旅游有限公司、新疆可可托海北疆明珠旅游发展有限公司。管委会每年定期召开工作会议,研究解决地质公园重大事项。
新疆富蕴可可托海国家地质公园管理委员会的主要功能为:
1)负责管理委员会的日常文件、资料管理,行政事务。
2)负责地质公园规划实施管理、项目规划设计、工程建设管理、基础设施维护等。
3)负责地质遗迹、景点景物、自然生态环境的保护和环境卫生综合治理。
4)负责宣传促销和实施旅游发展规划。
5)负责地质公园内旅游服务行业的管理与指导。
6)负责地质公园的经费预算及财务决算,机关财务管理,工程项目费用管理,审核监督所属单位财务、票务管理。