新疆富蕴可可托海国家地质公园管理委员会，为富蕴县委、政府的派出机构，机构规格县级，核定领导职数5名（正县2名、副县3名），科级职数14名。同时，设置7个内设机构分别为：综合办公室、政工人事处、财务统计局、规划建设局、开发局、景区景点管理局、矿山地质公园管理局。

新疆富蕴可可托海国家地质公园管理委员会的主要功能为：

1）负责管理委员会的日常文件、资料管理，行政事务。

2）负责地质公园规划实施管理、项目规划设计、工程建设管理、基础设施维护等。

3）负责地质遗迹、景点景物、自然生态环境的保护和环境卫生综合治理。

4）负责宣传促销和实施旅游发展规划。

5）负责地质公园内旅游服务行业的管理与指导。

6）负责地质公园的经费预算及财务决算，机关财务管理，工程项目费用管理，审核监督所属单位财务、票务管理。

7）负责地质公园内日常管理工作。