可可托海世界地质公园在中华人民共和国的业务主管机构为中国国土资源部地质环境司,在新疆维吾尔族自治区的主管机构为新疆维吾尔族自治区国土资源厅。
新疆富蕴可可托海国家地质公园管理委员会,为富蕴县委、政府的派出机构,机构规格县级,核定领导职数5名(正县2名、副县3名),科级职数14名。同时,设置7个内设机构分别为:综合办公室、政工人事处、财务统计局、规划建设局、开发局、景区景点管理局、矿山地质公园管理局。
新疆富蕴可可托海国家地质公园管理委员会的主要功能为:
1)负责管理委员会的日常文件、资料管理,行政事务。
2)负责地质公园规划实施管理、项目规划设计、工程建设管理、基础设施维护等。
3)负责地质遗迹、景点景物、自然生态环境的保护和环境卫生综合治理。
4)负责宣传促销和实施旅游发展规划。
5)负责地质公园内旅游服务行业的管理与指导。
6)负责地质公园的经费预算及财务决算,机关财务管理,工程项目费用管理,审核监督所属单位财务、票务管理。
7)负责地质公园内日常管理工作。