公园地处阿尔泰山中部西南坡，属于泛北极植物区、欧-亚森林植物亚区、阿尔泰山地区，是西伯利亚、泛北极、欧亚、北极-高山和蒙古等多种生物区系成分的唯一交汇区。公园现已发现维管植物967种，地衣植物205种，苔藓植物193种。维管植物中被子植物71科373属939种，裸子植物3科4属9种，蕨类植物7科8属19种。